شورای علمی بالاترین رکن اندیشکده محسوب شده و دارای وظایف و اختیارات ذیل است:

۱-  تهیه و تدوین اساس­نامه اندیشکده

۲- تشکیل اولین جلسه شورای سیاست­گذاری(هیات موسس) جهت تعیین ارکان اندیشکده  

۳- نظارت بر بازرسی از تمام ارکان و فعالیت­‌های اندیشکده

۴- تصویب طرح‌­ها و پروژه‌­های اندیشکده و نظارت بر حسن اجرای آنها

۵- تصویب و تشکیل گروه­های علمی مورد نیاز اندیشکده

۶- تصویب برنامه‌ها و بودجه سالانه اندیشکده

۷- تصمیم­‌گیری در مورد نحوه و چگونگی فعالیت، انحلال یا ادغام اندیشکده پس از پیشنهاد رئیس