شورای علمی بالاترین رکن اندیشکده محسوب شده و دارای وظایف و اختیارات ذیل است:
۱- تهیه و تدوین اساسنامه اندیشکده
۲- تشکیل اولین جلسه شورای سیاستگذاری(هیات موسس) جهت تعیین ارکان اندیشکده
۳- نظارت بر بازرسی از تمام ارکان و فعالیتهای اندیشکده
۴- تصویب طرحها و پروژههای اندیشکده و نظارت بر حسن اجرای آنها
۵- تصویب و تشکیل گروههای علمی مورد نیاز اندیشکده
۶- تصویب برنامهها و بودجه سالانه اندیشکده
۷- تصمیمگیری در مورد نحوه و چگونگی فعالیت، انحلال یا ادغام اندیشکده پس از پیشنهاد رئیس